เป็นถ้ำที่อยู่ในเทือกเขาหินปูนทอดยาวมีลักษณะคล้ายอุโมงค์ใต้ภูเขา เป็นถ้ำธารลอด ภายในถ้ำมีลักษณะคดเตี้ยวมีระยะทางจากปากถ้ำจนถึงทางออก 3.4 กิโลเมตร (ยาวท่ีสุดในประเทศไทย) ท่ีมีความโดดเด่นทางด้านธรณีวิทยาเป็นอย่างมาก มีการก่อตัวของหินงอกหินย้อย มีลักษณะสวยงามแปลกตามากมาย อาทิ หลอด หินย้อย หินปูนฉาบ และม่านหินย้อย
ท่ีสำคัญใน ถ้ำเล สเตโกดอน แห่งนี้เป็นแหล่งค้นพบฟอสซิล ซากดึกดำบรรพ์ของสัตว์มีกระดูกสันหลังจำนานมาก ซึ่งมีอายุตั้งแต่ประมาณ 1.8 ล้านปี ถึง 1,000 ปี โดยพบตามบริเวณพื้นลำธารตลอดความยาวของถ้ำ
ชิ้นที่สำคัญจนเป็นที่มาของชื่อ ถ้ำเล สเตโกดอน (แต่เดิมถ้ำแห่งนี้ชื่อ ถ้ำวังกล้วย) คือ ซากกระดูกขากรรไกร พร้อมฟันกราม ซี่ที่ 2 และ 3 ด้านล่างขวาของช้างดึกดำบรรพ์สกุล “สเตโกดอน” จนเป็นจุดกำเนิดเรื่องราวการศึกษาค้นคว้าทางธรณีวิทยาใน จ.สตูล
นอกจากนี้ยังค้นพบ แผ่นฟันกรามของช้างโบราณเอลิฟาส กรามแรดโบราณ เขากวาง ฯลฯ ถือได้ว่าเป็นสถานที่ที่มีความโดดเด่นทั้งทางด้านธรณีสัณฐานและด้านซากดึกดำบรรพ์เป็นอย่างมาก
การท่องเที่ยวภายในถ้ำจะใช้เรือคายัคลอดถ้ำ ชมความสวยงามของหินงอก หินย้อย ภายในถ้ำ จากนั้นพอพ้นออกจากถ้ำก็จะเปลี่ยนเป็นนั่งเรือหางยาว ชมความอุดมสมบูรณ์ของป่าชายเลน
ด้วยระยะทาง 3.4 กิโลเมตร โดยน้ำในถ้ำจะได้รับอิทธิพลจากน้ำในลำธารและน้ำทะเลขึ้นลงเป็นประจำทุกวัน จึงต้องพิจารณาระดับน้ำในถ้ำแต่ละวันด้วย อย่างไรก็ตาม นักท่องเที่ยวสามารถเข้าถ้ำได้ตลอดฤดูกาล
แต่ก่อนจะมาท่องเที่ยวที่ถ้ำเล สเตโกดอน จะต้องโทรสอบถามรายละเอียดที่ องค์การบริหารส่วนตำบลทุ่งหว้า เนื่องจากอุทยานธรณีสตูลจะเน้นการท่องเที่ยวเพื่อการเรียนรู้ เน้นเชิงคุณภาพเพื่อรักษาทรัพยากรธรรมชาติให้คงอยู่ตลอดไป นักท่องเที่ยวสามารถชมพิพิธภัณฑ์ทางธรณีก่อนเข้าถ้ำได้ ขณะเดียวกันจะมีมาตราการความปลอดภัยที่เข้มงวด และจำกัดจำนวนนักท่องเที่ยว
